Pojken bodde nära ett av målen och hans syster blev skadad i attacken.
Attacken var en av fyra som israelisk militär utförde som svar på raketeld mot Israel under fredagskvällen, uppgav den israeliska militären.
Tioåring dödad i flygattack
En tioårig pojke har dödats i en israelisk flygattack mot Hamas i Gaza, uppger Ashraf al-Qudra, talesman för räddningstjänsten i Gaza.