Den 27-årige schweizaren var mycket illa ute mot världsfemman Juan Martin del Potro från Argentina men vann med 3-6, 7-6, 2-6, 6-1, 6-4 efter att ha brutit argentinarens serve till 4-3 i avgörande set.
Federer har 9-0 i inbördes möten mot Söderling och kan på söndag ta sin 14:e Grand Slam-titel vilket skulle innebära tangerat rekord med amerikanen Pete Sampras.
Världstvåan från Basel har varit i tre raka Paris-finaler men förlorat samtliga mot gruskungen Rafael Nadal som i sin debut Paris-debut 2005 besegrade Federer i semifinal.
Frågan är om Nadals överman i årets Öppna franska ska sätta stopp för Federers kanske sista chans att få den enda Grand Slam-buckla han saknar.
