Ferrari tog en dubbelseger med Fernando Alonso som etta och Felipe Massa som tvåa.
Men en misstänkt stallorder kostade teamet 100 000 dollar i böter efter loppet.
Sebastian Vettel hade en stor möjlighet att knappa in på VM-ledande Lewis Hamilton när han stod i pole position på tyska Hockenheimring samtidigt som Hamilton startade sexa.
Och det blev några poäng - men inte lika många som den unge tysken hade hoppats på.
De båda Ferrari-bilarna tog sig nämligen förbi Red Bull-föraren redan på startrakan och tog sedan storslam med de båda topplaceringarna, Fernando Alonso som etta och Felipe Massa som tvåa.
- Vi förbättrade bilen mycket under helgen och avslutade den på bästa sätt. Vi var båda topp tre på kvalet och båda topp tre på loppet, sade Alonso på presskonferensen efter loppet.
Massa var dock allt annat än nöjd då Ferrari tydligt prioriterade Alonso under helgen och det såg även ut som att brasilianaren släppte förbi sig spanjoren medvetet - trots att stallorder är förbjudna.
- Jag kände att jag förtjänade segern. Jag körde riktigt bra och bilen var bra, men han körde förbi mig och vi jobbar båda för laget, sade Massa besvärat när han fick frågan om han släppte förbi Alonso med flit.
Efter loppet bötfällde dock det internationella bilsportförbundet (Fia) Ferrari med 100 000 dollar - 740 000 svenska kronor - för att de bröt mot reglerna, men loppresultatet förblir intakt. Summan är dock småslantar för stallet som riskerade både diskvalificering från loppet och uteslutning från VM, men Ferrari ska vid ett senare tillfälle kallas till ett möte med Fias världsråd för att förklara sitt agerande.
Sebastian Vettel slutade trea, ett resultat som hamnade i skuggan av stallorderdiskussionen och ett resultat som var en liten missräkning för 23-åringen. Lewis Hamilton körde nämligen upp sig två placeringar och slutade fyra.
- Men det är skönt att vara på podiet på min hemmabana. Det är väldigt känslosamt, sade Vettel.
