På Crown Princess drabbades häromdagen cirka 400 av de 3 100 personerna ombord, och på Ruby Princess föll cirka 100 personer offer för ett norovirus.
Beskedet är ett nytt bakslag för Carnival, den börsnoterade kryssningsjätten som också äger det haveridrabbade Costa Concordia.
- Vi arbetar i nära samarbete med CDC för att identifiera orsaken till magsjukan,. säger Julie Benson taleskvinna för Princess Cruises.
Utredarna från CDC, Centers for Disease Control and Prevention har varit ombord på båda fartygen och övervakning städningen ombord.
Crown Princess rengjordes noggrannt i lördags och har nu återvänt till sjöss. Ruby Princess är också preparerad för ny färd.
Norovirus orsakar symptom som diarré, kräkningar och magsmärtor. Det sprids från person till person genom förorenad mat eller vatten eller genom att kontaktsmitta.
