Netanyahu sade att han är beredd att göra kompromisser för att uppnå fred men han avvisar Obamas tal om att utgå från 1967 års gränser. Israel kan inte försvaras inom sådana gränser enligt Netanyahu.
Han sade också att den palestinske ledaren Mahmud Abbas måste välja mellan Hamas och fred med Israel.
Obama sade att han i fredagens samtal med Netanyahu hade upprepat principerna han framförde i sitt linjetal i går.
De bägge ledarna var överens om det finns skillnader i deras hållning. Ett exempel: Medan Obama talar om att en palestinsk stat bör ha en gemensam gräns med Jordanien, hävdar Israel sitt behov av att behålla Jordandalen som säkerhetsbuffert.
De omedelbara kommentarerna efter mötet var att en av de djupaste sprickorna i relationen mellan USA och Israel blottat sig.
Amerikanska medier avslöjar att Obama enligt hans medarbetare inte längre tror att Netanyahu någonsin kommer att göra de eftergifter som behövs för en varaktig fred med palestinierna.
Medierna avslöjar också ett dramatiskt spel bakom kulisserna dagarna före och efter talet. The New York Times rapporterar att Netanyahu gick i taket när han hörde att Obama i sitt tal tänkte hänvisa till de gränslinjer som gällde före junikriget 1967 som grundval för fred och en tvåstatslösning.
- Vi tror att Israels och Palestinas gränser bör grundas på 1967 års gränslinjer, med ömsesidiga överenskommelser om byten, så att säkra och erkända gränser upprättas för båda stater, sade Obama i talet.
Cirka en halv miljon israeler lever i bosättningar på Västbanken och i Östra Jerusalem. Det har diskuterats i förhandlingar att Israel skulle kunna få behålla en del av bosättningarna om palestinierna kompenseras med andra markområden.
Reaktionerna på Obamas tal var blandade. Från Europa hördes positiva röster. Utrikesminister Carl Bildt berömde talet, särskilt beträffande 1967 års gränser.
- Det var mycket bra att han var så explicit på den punkten. Det är en grundläggande förutsättning för att få en fredsprocess. Det innebär att Europa och USA talar med en röst i den viktiga frågan just nu, sade Bildt efter ett möte med riksdagens EU-nämnd.
