Örlogskaptenen Bill Kuebler säger i ett uttalande som skickats till journalister att han anser att anteckningarna är avgörande för försvaret av hans klient, kanadensaren Omar Khadr.
Khadrs mordrättegång kommer att hållas vid militärtribunalen på den amerikanska basen.
Kuebler säger att försvarsdepartementet lämnat över instruktioner till förhörsledarna i form av direktiv för standardprocedurer, så kallad SOP. Han berättar att han fått instruktionerna från åklagarna i förra veckan.
”Om de handskrivna anteckningarna förstörts, har myndigheterna med avsikt fråntagit Omar Khadrs advokater avgörande bevis som kan ifrågasätta trovärdigheten i påstådda erkännanden till de militära förhörsledarna”, säger Kuebler.
Han pekar på ett avsnitt i direktivet till förhörsledarna:
”Genom att hålla antalet dokument med förhörsinformation till minimum så kan man minska vissa juridiska frågor”, står där enligt Kuebler.
Den 21-årige Khadr är den yngste fången på Guantánamo. Han är son till en misstänkt al-Qaida finansiär och är anklagad för att ha varit en ”fientligt stridande” i Afghanistan. Där greps han 2002, när han var 15 år, misstänkt för att ha kopplingar till al-Qaida och för att ha dödat en amerikansk soldat.
Sedan dess har han varit fånge på Guantánamobasen och kommer att ställas inför en militärtribunal anklagad för terrorism.
De kontroversiella militärtribunalerna inrättades av president George W Bush 2001 för att hantera ”terrorkrigs”-misstänkta.
USA:s regering informerade i april kongressen att underrättelsetjänstens agenter som arbetar mot terrorism har rätt att använda förhörsmetoder som annars är förbjudna enligt folkrätten.
