Syriens agerande och politik ”utgör ett hot mot USA:s nationella säkerhet, utrikespolitik och ekonomi”, sade Obama i ett uttalande på måndagen.
Han noterade att Syriens regering har gjort vissa framsteg i bekämpningen av nätverk med utländska rebeller som infiltrerar Irak med självmordsbombare.
Relationerna mellan Syrien och USA förbättrades markant efter det att Obama blev president och sade att han vill få till stånd ett fredsavtal mellan Syrien och Israel som en del av en samlad fredsöverenskommelse för Mellanöstern.
Ansträngningarna hamnade i blåsväder förra månaden efter anklagelser om att Syrien skulle ha levererat Scudrobotar till Hizbollahmilisen i Libanon.
