Havel avled i söndags efter flera års lungsjukdom. Under veckan har tusentals defilerat förbi båren när han legat på lit de parade i borgen i Prag.

Kyrkklockorna ringde när ceremonin inleddes i Vituskatedralen, tidigare kunglig kröningskyrka. Klockan tolv hölls en tyst minut.

Begravningen kunde följas via storbildsskärm på Hradcanytorget intill. Många bar band i de tjeckiska färgerna rött, blått och vitt.

Bland officiella gäster fanns Polens förre president Lech Walesa, som likt Havel hade en nyckelroll vid järnridåns fall 1989.

USA:s expresident Bill Clinton gjorde hustrun, utrikesminister Hillary Clinton, sällskap till ceremonin. Också förra utrikesministern Madeleine Albright, född i Prag, var på plats.

Frankrike företräddes av president Nicolas Sarkozy, Storbritannien av premiärminister David Cameron. Utrikesminister Carl Bildt representerade Sverige.

Ett budskap från påven Benedictus XVI lästes upp av kardinalen Giovanni Coppa. Påven lyfte fram ”hur modigt Havel försvarade mänskliga rättigheter i en tid när dessa systematiskt förnekades”.

Även grannlandet Slovakien - tidigare förenat med Tjeckien - höll en nationell sorgedag, med flaggor på halv stång.