Demonstranterna visade sin ilska mot regimen i Syrien, där cirka 5 400 människor enligt FN dödats sedan protesterna startade i mars i fjol.
Ambassaden var stängd men Yusef Ahmed, Syriens ambassadör i Egypten, sade till AFP att han ska lämna in en officiell protest till myndigheterna.
Enligt Reuters var de som bröt sig in syrier. Ambassadören uppger att en namnlista överlämnats till myndigheterna på demonstranter som tidigare gjort sig skyldiga till liknande händelser.
- Men inga åtgärder har vidtagits, säger han.
Tidigt i morse rapporterades att sex amerikaner som arbetar för USA-baserade demokratigrupper har hindrats från att lämna Egypten. USA manar Egypten att genast låta dem resa hem.
Egyptiska myndigheter gjorde i december tillslag mot en rad MR-grupper, lokala och utländska, för att se om de tar emot otillåtna bidrag från utlandet.
Bland de amerikaner som hindrats från att lämna Kairo är Sam LaHood, som leder IRI:s verksamhet i Egypten. Han är son till USA:s transportminister Ray LaHood. International Republican Institute (IRI) är en organisation knuten till Republikanska partiet och som verkar för att främja demokrati utomlands.
Kvarhållandet har upprört USA, som redan tidigare hårt kritiserat tillslagen mot människorättsorganisationer i Kairo.
- Vi manar Egyptens regering att omedelbart häva restriktionerna och tillåta dessa människor att resa hem så snart som möjligt, sade UD:s talesperson Victoria Nuland.
Washington har redan tidigare antytt att USA kan komma att ompröva de 1,3 miljarder dollar (8,7 miljarder kronor) som Egyptens militär får i bidrag årligen om trakasserierna mot MR-organisationerna fortsätter.
