Långa köer av väljare väntade utanför vallokalerna redan innan de öppnade på morgonen.
Swapoledaren Hifikepunye Pohamba hoppas på en andra ämbetsperiod på presidentposten, men utmanas av förre utrikesministern Hidipo Hamutenya och dennes nybildade parti RDP (Rally for Democracy and Progress).
RDP bildades för två år sedan, efter det att Hamutenya förlorat en maktkamp inom Swapo efter befrielseledaren Sam Nujomas pensionering 2004. Hamutenya var populär inom Swapo och hoppas vinna missnöjesröster från regeringspartiet.
Trots sina vallöften att bekämpa korruption och nepotism lär RDP knappast vinna, men väntas bli Namibias dominerande oppositionsparti.
Inför valet har våld och hot riktats mot RDP-anhängare, men överlag har valrörelsen varit stillsam.
Vallokalerna öppnar igen på lördagen för en andra dags röstande. Slutresultatet väntas dröja några dagar.
