Invånare i Omdurman beskriver hur det utbröt kaos med otaliga bilar fyllda av uniformerade män, men att det var omöjligt att avgöra vilka som var rebeller, regeringssoldater eller säkerhetsmilis. Sporadisk skottlossning hördes även på söndagsmorgonen.
Många rebeller ska efter striderna ha tagit av sig uniformerna och bytt till civila kläder för att smälta in i folkvimlet.
Utegångsförbud infördes nattetid i hela Khartoum och befolkningen uppmanades att inte lämna sina hem förrän säkerheten återställts. Utegångsförbudet hävdes i går för Khartoum men kvarstår i Omdurman, som ligger på Nilens västra strand.
Trots att Sudan i tre decennier haft inbördeskrig, först i södern och sedan i Darfur, har striderna aldrig tidigare nått huvudstaden.
Den rebellgrupp som angrep Omdurman är JEM, Justice and Equality Movement. JEM är en av ett halvdussin rebellrörelser från Darfur. De har tagit upp vapen dels för att försvara sig mot attacker från armén och den arméstödda milisen Janjawid, dels för att de anser att Darfur är eftersatt och diskriminerat. Konflikten är sprungen ur de etniska motsättningar som växt mellan nomader och fastboende i takt med att ökenutbredningen skärpt konkurrensen om knappa naturresurser.
JEM anklagas av Omar al Bashirs regering att vara agenter för grannlandet Tchad.
– Dessa är i huvudsak tchadiska styrkor som stöds och utrustats av Tchad. Vi bryter nu de diplomatiska relationerna med den regimen, sade Omar al Bashir i ett tv-tal.
Han sade också att Sudan har rätt att hämnas attacken. Natten till söndagen intogs den tchadiska ambassaden i Khartoum av säkerhetsstyrkor som sökte igenom byggnaden.
Sudanesisk tv uppgav att av det hundratal rebeller tillfångatagits är de flesta pojkar i tonåren. Man påstod också att JEM:s ledare Khalil Ibrahim ledde attacken mot Omdurman och att han håller sig gömd i staden. Bilder på Ibrahim visades för första gången i tv och en belöning utlovas till dem som kan hitta honom.
Rebellerna i JEM förnekar stöd från Tchad.
– Vi är självförsörjande. Vi har byggt upp styrkan med utrustning från Sudans regeringsstyrkor. Vi har besegrat dem så många gånger. Vi har mer än tillräcklig utrustning utan att behöva få något från Tchad. Detta är en operation av enbart JEM, Tchad har inget med den att göra, säger en JEM-ledare, Eltahir Adam Elfaki, till brittiska BBC.
Attacken mot Khartoum är en spegling av vad som hände i Tchad i februari i år och även i mars 2006. Båda gångerna var det rebeller från gränsområdet mot Sudan som i konvoj lyckades ta sig ända in i Tchads huvudstad Ndjamena innan de slogs tillbaka av regeringsstyrkor. Tchad anklagade båda gångerna Sudan för att ligga bakom och för att ha understött rebellerna. Tchad bröt med Sudan efter den första attacken, men relationerna återupprättades i augusti 2006.
De båda ländernas statschefer Omar al Bashir och Idriss Deby möttes i mars i år i Senegal där de slöt ett avtal om icke-aggression. FN:s generalsekreterare Ban Ki-moon fanns på plats och gratulerade. I avtalet lovade båda länderna att de inte ska ge stöd till några rebellrörelser på någondera sida om den gemensamma gränsen.
Det var det sjätte liknande avtalet på fem år mellan Tchad och Sudan. Denna gång skulle avtalet få bättre hållbarhet genom att en ”kontaktgrupp” av fem nationer skulle övervaka efterlevnaden.
