Pillay skriver till generalsekreterare Ban Ki-Moon att generalen, Shavendra Silva, ledde en division i slutuppgörelsen med Sri Lankas tamilska rebeller LTTE 2009.
Nu har Silva valts till ett FN-organ för fredsbevarande rådgivning.
Journalister frågade Pillay, efter ett möte med FN:s generalförsamling i måndags, om vad hon anser att om Silva utsetts att ingå i fredsstaben.
- Det väcker oro, svarade hon.
- FN har en klar granskningspolitik och detta är en del av mitt kanslis arbete. Vi har en lista över individer som är misstänkta för människorättsbrott och jag har uttryckt min oro kring denna person i ett brev till generalsekreteraren.
Sri Lanka misstänks för krigsbrott vid slutoffensiven mot tamilerna, vilket människorättsgrupper och väststater har krävt utredning av. Civila har enligt rapporter fallit offer när de kommit mellan de stridande eller satts i läger av militären.
Tillfångatagna rebeller ska ha skjutits av militären.
Regeringen i Colombo har ilsket avvisat anklagelserna.
Offensiven gjorde slut på ett inbördeskrig som, med få avbrott, pågick sedan början av 1980-talet.
