Medvedev sade i ett skarpt formulerat tal att partifolk ute i landet inte begripit att väljarna har rätt att uttrycka sin vilja.
- Val som ska vara en tävlan mellan idéer och politiska program förvandlas ibland till tillställningar där demokratiska och administrativa procedurer blandas ihop, sade Medvedev till de mer än 600 kongressdelegaterna i S:t Petersburg.
Han möttes av artiga applåder när han sade åt partifunktionärerna att de måste lära sig att vinna val genom öppen tävlan.
I regionalvalen i stora delar av Ryssland i oktober formligen krossade Enade Ryssland allt motstånd.
Oppositionen och andra kritiker har klagat över att många fick rösta flera gånger, att rösträknandet kunde ifrågasättas, att alla inte fick komma till tals under valrörelsen och att oppositionens kandidater motarbetades. Men valmyndigheterna avfärdade kritiken och Medvedev gratulerade snabbt regeringspartiet till segern.
Men efterhand tycks presidenten ha tagit åt sig av kritiken, och på lördagen sade han att Enade Ryssland måste förändras. Partiet har kritiserats för att ha blivit allt mer likt det maktfullkomliga Kommunistpartiet förr i tiden.
- Partiet är bara ett instrument. Ja, ett väldigt viktigt och absolut nödvändigt instrument, men bara ett instrument, ett medel men inte ett mål, sade Medvedev. Partiledaren Vladimir Putin - Medvedevs företrädare som president och numera premiärminister - lyssnade till synes förstrött medan han gjorde små anteckningar, viskade till en bänkgranne och då och då stämde in i applåderna. Han tittade sällan åt Medvedevs håll.
Medvedev följdes i talarstolen av Putin, som i ett mer än timslångt anförande i detalj beskrev hur den ryska ekonomin måste moderniseras för att ta landet ur finanskrisen så att ny tillväxt kan skapas.
Han bemötte inte Medvedevs kritik mot det politiska systemet men varnade partifolket för att betrakta Enade Ryssland som en ”elitklubb” som ska gynna deras egna intressen.
Dmitrij Medvedev var Putins handplockade efterträdare och valdes till president med hjälp av Enade Rysslands överlägsna partimaskineri.
Sedan han tillträdde för ett och ett halvt år sedan har han ofta kritiserat såväl det ekonomiska som det politiska systemet i Ryssland, men bedömare anser att det mesta är sig likt och de tvivlar på hans förmåga att driva igenom några grundläggande förändringar.
