Beskedet lämnades formellt i ett brev som sändes till den palestinske presidenten Mahmud Abbas sent i onsdags.

Kommissionen är inrättad för att fungera som oberoende valmyndighet.

Vad avgången betyder för möjligheterna att som planerat hålla parlamentsval den 25 januari framgick inte omedelbart.

En nyckelfråga i dispyten mellan regeringen och valkommissionen handlar om var de palestinska säkerhetsstyrkorna ska rösta. Premiärminister Ahmad Qurays regering anser att soldaterna ska kunna rösta vid sina förläggningar. Valkommissionen hävdar att det hindrar full insyn i hur valet genomförs.

Mahmud Abbas befann sig på torsdagen utomlands, men väntades hem senare under dagen.

Inom regeringspartiet Fatah är meningarna delade om huruvida valet bör genomföras som planerat, eftersom islamistpartiet Hamas - som ställer upp i valet - har stora chanser att nå framgångar.