Samtidigt varnar experter för följderna.
Sanktionerna riktas mot Irans centralbank och finansiella sektor. De innebär förenklat att utländska bolag måste välja mellan att göra affärer med Iran eller affärer med USA. Tanken är att pressa Iran att överge planerna på kärnvapen genom att strypa landets oljeintäkter.
Obama godkände sanktionerna eftersom de låg inbakade i en större försvarsbudget, men han uttryckte samtidigt invändningar.
- Det faktum att jag stöder den här budgeten innebär inte att jag håller om allting i den, sade han.
Det finns en risk att sanktionerna leder till att USA:s relationer med bland annat Kina och Ryssland försämras, eftersom de länderna handlar med Iran. Obama får dock mandat att utfärda 120 dagars dispens mot reglerna om han bedömer att det ligger i USA:s säkerhetsintresse.
USA:s finansminister Timothy Geithner är inte förtjust i sanktionerna. I december skrev han ett brev till kongressen där han argumenterade att alltför tuffa sanktioner kan få motsatt effekt. Bland annat kan oljepriset kunna skjuta i höjden, vilket skulle gynna Iran om flera länder väljer att strunta i sanktionerna.
Höjda oljepriser kan dessutom leda till dyrare bensin - vilket inte är politiskt gynnsamt för Obama med tanke på att 2012 är valår i USA.
Sanktionerna innebär också att en militär konflikt mellan Iran och väst rycker allt närmare. För bara några dagar sedan hotade Iran att stoppa alla oljetransporter genom Hormuzsundet om nya sanktioner införs. Där fraktas en stor del av världens olja - och hotet fick USA:s militär att ryta till. Men Iran har inte vikit en tum.
Budgeten innehåller också formuleringar som ger militären större makt över vad som ska hända med misstänkta terrorister. Bland annat blir det svårare att flytta fångar från ökända Guantánamo Bay till USA för rättegångar, vilket är en del av det som Obama invände mot.
