En av dem hittades på måndagen.
De tre helikoptrarna försvann i området kring Mount Kenya och en pilot ska ha lyckats skicka ut ett rop på hjälp. Svåra omständigheter stukar dock sökandet, meddelar kenyanska myndigheter på måndagen.
- Just nu vet vi inte att de har kraschat...terrängen och vädret är försvårande, säger den kenyanske militärtalesmannen Bogita Ongeri.
Ett räddningsteam har omhändertagit besättningen från en av de tre helikoptrar som försvann vid området Mount Kenya. Helikoptern tvingades nödlanda i bergen och de fem besättningsmedlemmarna är nu i säkerhet, meddelar en talesperson för den ugandiska armén.
Sökandet efter de två andra helikoptrarna pågår fortfarande.
Helikoptrarna hade lämnat Entebbe i Uganda för att förstärka Afrikanska unionens fredsstyrka i Somalia. I Wajir i Kenya skulle de fylla på bränsle inför den fortsatta resan till Somalia där de ska användas i kampen mot den islamistiska rebellgruppen al-Shabaab.
Ugandiska soldater är ryggraden i AU-styrkan Amilon i Somalia. I styrkan ingår även soldater från Kenya och Burundi.
Kenya har drabbats av flera granatattacker och kidnappningar sedan landet gick in i Somalia i oktober 2011, och misstankarna har riktats mot al-Shabaab.
I juli 2010 tog al-Shabaab på sig ansvaret för en självmordsattack i Uganda och hävdade att det var på grund av landets medverkan i Amilon.
