FN-kommissarien, Louise Arbour, vädjade inför onsdagens omröstning i EU-parlamentet om att unionen bör skrota förslaget till direktiv för återvändande.
Men förslaget - en kompromiss mellan EU-ländernas regeringar i ministerrådet och parlamentet - antogs med 367 röster mot 206, samt 109 nedlagda.
Den mest omstridda delen i direktivet är att personer som fått besked om att de ska avvisas eller utvisas ska kunna sättas bakom lås och bom. Normalt högst ett halvår, men i undantagsfall upp till ett och ett halvt år, i väntan på att beslutet verkställs.
En möjlighet att snabbt frivilligt återvända ska ges. Den som inte medverkar ska kunna förbjudas att resa tillbaka till EU under fem år.
De som främst kommer att beröras av de nya reglerna, som kan träda i kraft inom några år, är personer som kommit till ett EU-land helt enligt lagens bokstav men som stannat längre än vad visumet tillåter.
Också asylsökande som fått avslag omfattas.
Förespråkarna hävdar att reglerna innebär att flera länder nu måste sätta en yttersta gräns för hur länge en person som ska skickas ut får hållas inlåst. Sju länder av de 27 i EU saknar i dag en sådan gräns, men många av de övriga har betydligt snävare gränser.
”Beslutet är en seger för realisterna över idealisterna”, sade den liberala partigruppens talesman i ärendet, Gérard Deprez, enligt nyhetsbyrån AFP.
Förespråkarna hävdar också att direktivet, rätt tillämpat, ökar olagliga migranters rättigheter.
Men Amnesty och andra kritiker varnar för att länder som nu tillåter inlåsning under kortare tid kan frestas att förlänga sina frister.
FN-kommissarien Arbour beklagar, enligt AFP, att allmänheten anser att olagliga migranter inte ska ha samma rättigheter som andra i samhället. Men, säger hon, det är hög tid att de som är i sin fulla rätt att fly från extrem fattigdom, svält eller sjukdom bemöts som dem som flyr från politisk förföljelse.
