Tumultet utbröt utanför det sjukhus i staden Nag Hammadi där de sex dödade kopterna förvarades, rapporterar AFP. Uppretade demonstranter kastade sten mot poliser, som svarade med tårgas.
De sex kopterna var på väg från midnattsmässan i Maria Gergis-kyrkan i Nag Hamadi norr om Luxor när de sköts ihjäl. Samtidigt skadades tio personer.
Enligt säkerhetskällor körde de okända gärningsmännen förbi kyrkan i en mörk bil och avlossade skotten.
De koptiska kristna i Egypten firar jul den 7 januari. De kristna utgör ungefär tio procent av Egyptens omkring 80 miljoner invånare.
