Baasyir greps på Java och påstås ha varit andlig ledare i det al-Qaida-inspirerade nätverket Jemaah Islamiyah (JI).

- Han hade varit inblandad i terrornätverk i Aceh. Terrorgruppen i Aceh har, som vi vet, band till Jemaah Islamiyah och många andra extremistgrupper i vårt land, sade säkerhetsministern och antiterrorchefen Ansyaad Mbai.

Enligt Mbai har polisen starka bevis för att den 71-årige Baasyir var knuten till träningslägret, något han själv bestämt förnekar.

- Det här är konstruerat av Amerika, sade han till reportrar i Jakarta innan han fördes iväg av beväpnad polis.

Baasyir dömdes och fängslades för att ha deltagit i sammansvärjningen bakom de bombdåd som 2002 dödade 202 människor i en semesterby på Bali, bland dem sex svenskar och ett stort antal australier. Efter 26 månader släpptes han ur fängelset.

Myndigheter i både Sydostasien och västvärlden hävdar att JI låg bakom både det och andra attentat i regionen.

Polisen väntades hålla presskonferens senare under måndagen.