IAEA säger sig ha satellitbilder som tyder på misstänkt aktivitet, som provsprängningar, på basen.
Samtalen sker i Wien i Österrike. Bland andra IAEA:s chefsinspektör Herman Nackaerts och Irans IAEA-ambassadör Ali Asghar Soltanieh deltar.
Förhandlingarna rör misstankar om att Iran försöker anskaffa kärnvapen, något som landets regim tillbakavisar. Iran hävdar att deras kärnteknikprogram inte är till för att användas i krigförande syfte.
Även om samtalen har återupptagits tycks parterna ännu stå långt ifrån varandra. Det iranska sändebudets uttalande om att landets säkerhet på inga villkor får äventyras, antyder att IAEA:s möjligheter att få utföra sin inspektion är begränsade.
