Han utesluter samtidigt att USA nu ska lämna landet efter president Obamas pågående omprövning av strategin.
- Vi lämnar inte Afghanistan. Diskussionen handlar om vilka steg vi ska ta framåt, och presidenten har några mycket viktiga beslut att fatta, sade Gates i en intervju för tv-kanalen CNN.
USA:s högste befälhavare i Afghanistan, Stanley McChrystal, har givit Obama en mörk bedömning av läget i det nu åtta år gamla kriget.
Presidenten överväger nu om han ska skicka ytterligare 40 000 soldater till landet eller tvärtom minska insatsen och fokusera på att slå till mot al-Qaidaceller, vilket vicepresident Joe Biden förordar.
Enligt Gates är den förre amerikanske presidenten George W Bushs beslut att invadera Irak 2003, och därmed ta fokus från insatsen i Afghanistan, orsaken till dagens svårigheter.
- På grund av vår oförmåga, och våra allierades oförmåga, att skicka nog soldater till Afghanistan är talibanerna på frammarsch just nu, sade Gates.
