ElBaradei sade också att ett möte mellan Iran, Ryssland, Frankrike och USA planeras 19 oktober i Wien.
Iran betecknade samtalen med ElBaradei som ”mycket framgångsrika”.
USA har ökat pressen på Iran efter avslöjandet av anläggningen i Qom, och Israel anser att den bevisar att Iran försöker utveckla kärnvapen. Detta förnekas kategoriskt av Iran.
IAEA har inga bevis för att Iran försöker utveckla kärnvapen, men en oro kvarstår om hur landet tänker använda sin nukleära teknik i framtiden, sade ElBaradei. Han uppmanade regimen att bringa mer klarhet om den kärntekniska verksamheten.
President Mahmoud Ahmadinejad hävdar att det inte finns någon kvarstående oklarhet mellan Iran och IAEA.
”På grund av gott samarbete mellan Iran och IAEA har viktiga frågor fått sin lösning och det finns inga oklara frågor kvar mellan Iran och organisationen”, sade presidenten i ett uttalande, som publicerades av nyhetsbyrån Isna.
