När båten lämnar land försvinner raden av gatlyktor i hamnen som ett pärlband i horisonten. Det är dags för ännu en nattlig patrullering för den grekiska kustbevakningen, som lägger nästan alla sina resurser på att ta om hand om hundratals flyktingar.

På det smalaste stället över till Turkiet är avståndet bara 800 meter. I en snabbgående motorbåt kan resan fram och tillbaka göras på några få minuter. Men människosmugglarna är rädda för att gripas – och dömas till höga fängelsestraff. Det vanligaste tillvägagångssättet är därför att låta migranterna själva sköta överfarten i överlastade gummibåtar.

När migranterna upptäcks av kustbevakningen, som bevakar sundet med värmekameror, så skär de, enligt instruktionerna från människosmugglarna, hål i båten så att de måste undsättas.

–Sedan bryter paniken ut. De flesta kan ju inte simma och kliver på varandra samtidigt som båtarna sjunker. Att ta betalt för det här är ett av de värsta brotten man kan begå, säger finländaren Jani Isometsä, Frontex koordinatör på plats.

Isometsä har i flera år varit med och byggt upp Frontex arbete som nu antar en allt fastare form. I årets grekiska operation, Poseidon, jobbar 300 tjänstemän från andra EU-länder. Sverige har bidragit med ett flyg, kustbevakare, poliser, tullare och en handläggare från Migrationsverket.

–Om man inte varit här själv är det svårt att förstå omfattningen av den här krisen. Det är ju inte Greklands fel att så många migranter försöker ta sig över till EU just här, säger Jani Isometsä.

Han beskriver den grekiska övärlden som mitten på ett timglas, en smal passage som migranterna måste passera innan de sprids ut över Europa. Jani Isometsä välkomnar utvecklingen med Frontex men ser också problem eftersom människoflödet är massivt.

–Vi måste kunna identifiera dem som behöver skydd under internationell lag. Många ambassader och konsulat är stängda i de länder där behovet av att kunna söka skydd är som störst. Samtidigt är Europa beroende av att koordinera migrationen, säger Isometsä och efterlyser bättre vägar att ta sig in i Europa legalt.

Ovanför den pittoreska semesterorten ligger det nya häktet med kapacitet för drygt 300 personer. Det är hit migranterna förs när de gripits, förhörts och undersökts av läkare. Här registreras också deras fingeravtryck för databasen Eurodac.

Att tala med migranterna är förbjudet, men personer som suttit här säger att häktet är bättre än många andra. Det finns en läkare och en basketplan. På fredagarna hålls lektioner om Greklands samhälle och historia.

–Som mest har vi haft 800 personer internerade i upp till två månader. Läget är tragiskt, konstaterar Panayiotis Kordonouris, Samos polischef.

Enligt honom måste det till mer gränsbevakning och en politisk lösning med Turkiet för att stoppa utvecklingen. Polisen skulle också behöva mer resurser.

Många greker argumenterar också för att flyktingarna borde skickas hem på en gång. En sådan lösning diskuteras också i EU efter att ha drivits av Frankrikes hårdföre migrationsminister Eric Besson som fått sällskap av Italiens premiärminister Silvio Berlusconi. I oktober begärde EU:s regeringschefer att Frontex ska få större resurser och framöver ansvara för deportationer i chartrade flygplan.

Planerna, som kommer att diskuteras vidare under 2010, ligger väl i linje med den franska regeringens inställning. President Nicolas Sarkozy skulle gärna se att Frontex så småningom utvecklas till en gemensam gränsbevakningsmyndighet för hela EU.

Förra året röstade EU-parlamentet också igenom en ny lag som ska göra det möjligt att skicka tillbaka irreguljära migranter till sina hemländer. Mycket tyder alltså på att hårda tag kommer att gynnas i den framväxande gemensamma asyl- och migrationspolitiken.

I en park intill polishuset sitter 17-årige Wael Tolrey, som flytt från Gaza med två vänner. Enligt Wael dödades hans föräldrar i ett bombanfall för drygt ett år sedan. Nu försöker han ta sig till en faster i Tyskland, men sitter fast på ön. För att slippa få sina fingeravtryck registrerade håller han sig undan så gott det går samtidigt som han försöker ordna falska papper för att ta sig till Aten.

Färden gick först till Libyen, sedan med båt till Turkiet och sedan vidare till Samos tillsammans med 60 andra personer i en liten gummibåt. För det betalade han 3000 dollar och nu är pengarna slut.

–Jag sitter fast här, kan varken ta mig vidare eller tillbaka. Det enda sättet är att överlämna sig till polisen, men då kan jag inte ta mig till Tyskland.