Enligt domstolens förstainstansrätt har EU inte på ett nöjsamt sätt motiverat beslutet att föra upp PKK på listan över grupper vars tillgångar ska frysas som ett led i kampen mot terrorism.
Turkiets regering skyller närmare 40 000 dödsfall på PKK sedan gruppen 1984 inledde sin kamp för ett kurdiskt hemland i sydöstra Turkiet.
EU-tjänstemän har sagt att unionen kommer att försöka behålla PKK på terrorlistan.
Tidigare har domstolen på liknande sätt underkänt EU:s beslut att föra upp andra grupper, bland dem den iranska oppositionsgruppen Folkets mujahedin, på listan.
