På kvällen rapporterades att presidenten flytt och att oppositionen tagit makten.
President Kurmanbek Bakijev har lämnat Bisjkek, uppgav en källa på huvudstadens största flygplats vid 20-tiden. Källan - som inte ville framträda med namn - sade att Bakijev hade flera personer i sällskap och att de lyfte i ett plan som inte skulle kunna flyga någon längre sträcka utan att tanka.
Vart planet var på väg uppgavs inte, men oppositionen meddelade senare att han landat i staden Osj.
Ungefär samtidigt utropade sig oppositionen som segrare i kraftmätningen.
- Premiärminister Danijar Usenov har skrivit under sin avskedsansökan, sade Temir Sarijev, som själv har bakgrund som parlamentariker och har varit en av folkresningens ledare.
- Oppositionen har full kontroll, sade en annan av revoltörernas ledare, Roza Otunbajeva, enligt den ryska nyhetsbyrån Ria-Novosti.
I kirgizisk radio sade Sarijev att Otunbajeva leder den regering som tagit över.
Roza Otunbajeva uppgav senare själv att hon kommer att leda en interimsregering de kommande sex månaderna.
Samtidigt uppmanade hon president Kurmanbek Bakijev att avgå och hon sade sig samtidigt inte ha någon aning om var han höll hus.
Tidigare på dagen hade demonstranter efter flera timmar av sammandrabbningar i huvudstaden hade lyckats tränga in i parlamentet och regeringskansliet och ta över.
Kravallpolis hade under dagen använt skarp ammunition, tårgas och chockgranater för att skingra de omkring 5 000 demonstranterna. Flera dödades på platsen, som enligt en reporter var full av blod.
Kort före rapporterna om att landets ledning tagit till flykten uppgav myndigheter att 40 människor dödats i kravallerna och att fler än 400 skadats. Dödstalet kan vara högre.
Läkaren Akylbek Jeukebajev sade till Reuters att alla de döda han sett - ”dussintals - hade träffats av skott. Regeringen hade tidigare på dagen utlyst undantagstillstånd i ett försök att återta kommandot. Men kort därefter stormade demonstranter in i det statliga tv-huset och sändningarna upphörde.
Ett tusental personer trängde in i åklagarämbetets lokaler och sågs kasta ut datorer genom fönstren. Därpå kom uppgifter om att byggnaden stod i brand.
Kirgizistan är beroende av stöd från såväl USA och Ryssland som grannlandet Kina, och utvecklingen lär följas noga i utlandet. Inte minst för USA är våldsutbrottet bekymmersamt; Kirgizistan hyser en av USA:s viktigaste flygbaser för insatsen i Afghanistan.
USA:s regering sade ännu på kvällen att den hade uppfattningen att Bakijevs regering fortfarande hade makten. Den amerikanska regeringen uttryckte dock oro över läget och beklagade förlusten av liv.
Kort därpå uppgav en militärtalesman i Washington för nyhetsbyrån AFP att USA:s militära flygningar från den amerikanska basen i Kirgizistan norr om huvudstaden ställts in.
Samtidigt meddelade en talesman för den kirgiziska gränskontrollen att gränsen mellan Kirgizistan och Kazakstan stängts.
