Habash var född i slutet av 20-talet - uppgifterna går isär om det exakta årtalet - i en kristen köpmannafamilj som blev flyktingar 1948 under den turbulenta tiden för Israels tillkomst.

Han studerade medicin och kom att tjänstgöra som läkare i flyktingläger. Under 50- och 60-talen var han aktiv i flera arabiska nationaliströrelser med marxist-leninistisk prägel.

I mer än 30 år ledde Habash PFLP, som var en av de tongivande rörelserna och ingick i Palestinska befrielseorganisationen (PLO). Han lämnade ledarposten 2000 och ska sedan dess ha levt i Jordanien.