Det gäller om klädseln väsentligt skulle försvåra samspelet mellan lärare och elev eller medföra särskilda risker vid exempelvis laborationer.
Ett generellt förbud mot heltäckande slöja är däremot inte möjligt.
Läraren ska avgöra om ett förbud är rimligt. Så långt det går ska dock skolorna försöka anpassa undervisningen, anser Skolverket.
Utbildningsminister Jan Björklund välkomnar Skolverkets klargörande av reglerna.
- Det ger precis det handlingsutrymme som skolorna behöver. Lärare får förbjuda heltäckande slöja, om det försvårar kontakt och samspel i klassrummet, säger han till TT.
TT: Men innebär det inte ett visst godtycke om läraren kan hänvisa till samspelet i undervisningen?
- Ja, men det är det det handlar om. Undervisningen i ett klassrum är ett samspel mellan människor, och i väldigt många situationer i detta samspel så måste man kunna se varandra i ansiktet.
Skolverkets beslut innebär inte några nya riktlinjer utan snarare att man står fast vid dem som infördes för ett antal år sedan.
DO fastslog 2010 att det stred mot diskrimineringslagen att utestänga en elev från undervisningen för att hon bar slöja.
- Sedan dess har det rått en viss oklarhet, men nu får man väl säga att det klaras ut och att Skolverket vidhåller sin ursprungliga hållning och går emot DO, säger Jan Björklund.
Vänsterpartiets utbildningspolitiska talesperson Rossana Dinamarca är kritisk till Skolverkets beslut.
- Det är ett dåligt beslut, som innebär att det blir upp till enskilda lärare att avgöra om du har rätt till utbildning eller inte. Det är en grundläggande rättighet för alla, oavsett vilken religiös bakgrund du har, säger hon till TT.
- Detta är inte något stort problem inom utbildningsväsendet. De fall där man måste identifiera en elev vid prov eller liknande, så har man löst det, säger Rossana Dinamarca.








