Polisen misstänker att mannen som är i 30-årsåldern och ursprungligen från ön Anglesey i norra Wales, kan ha legat död i flera veckor, rapporterar BBC.
Polis bröt sig in i lägenheten i Pimlico sedan kollegor på MI6 oroats över att han inte hade synts till på åtminstone tio dagar. Kroppen hittades i en rymlig bag i badkaret. I lägenheten hittades också en mobiltelefon och flera sim-kort.
Brittiska utrikesdepartementet - som sköter eventuella pressfrågor för MI6 - är föga oväntat tämligen förteget.
- Det här är en polisfråga. Hennes majestäts myndigheter har sedan länge en policy att varken bekräfta eller förneka om någon arbetar eller inte för underrättelsetjänsten, sade en talesman.
Eftersom utredningen handhas av polisens mordrotel antas dock att polisen inte tror att fallet är kopplat till spioneri eller terrorism. Enligt BBC har polisen riktat in sig på att undersöka den mördades privatliv.
Grannarna har inte kunnat ge många tips.
- Jag har hört att mannen ska ha bott på översta våningen, men jag har aldrig sett honom. Det är inte direkt så att man berättar för sina grannar att man är spion, säger 35-årige grannen Rob Mills till BBC
