Ett skäl till bristen på kontroller är en omorganisation som innebär att var femte djurskyddskontrollant försvunnit.
- Det är för lite för att vi ska vara nöjda, säger kontrollchefen Malin Engdahl till Ekot i Sveriges Radio.
De flesta kontroller som ändå skedde gällde hästar. Några enstaka kontroller gjordes på transporter med nötkreatur, fågel och gris.
Jordbruksminister Eskil Erlandsson (C) hävdar att djurskyddskontrollerna nu har skärpts, bland annat tack vare de öronmärkta extra 16 miljonerna som skjutits till av regeringen.
- Nu förutsätter jag att man på länsstyrelserna har klarat av det berg av ärenden som många kommuner lämnade efter sig, säger han till TT.
Jordbruksverket rapporterar varje år till EU-kommissionen om djurskyddet.
Kontrollchef Malin Engdahl på Jordbruksverkets avdelning för djurskydd och hälsa pekar på ett politiskt trovärdighetsproblem när svenska politiker i EU-sammanhang slagits för hårda krav vad gäller djurtransporter och det sedan framkommer att kontrollen av efterlevnaden fungerat dåligt på hemmaplan.
Men Erlandsson hoppas på förståelse från EU. Den svenska omorganiseringen av djurskyddskontrollerna har skett i dialog med EU.
- Det finns en kunskap hos EU om att vi gjort en förändring från kommun till länsstyrelse, säger han..
