Kommissionen meddelade i augusti, efter en preliminär genomgång, att affären skulle kunna leda till bristande konkurrens på ett antal områden som exempelvis derivathandel.
EU-kommissionen motiverade sitt beslut med att det skulle ha skapat ett kvasi-monopol i handeln med europeiska derivat. Tillsammans kontrollerar de två börserna mer än 90 procent av handeln i dessa produkter. Det skrev EU-kommissionen i ett pressmeddelande på onsdagen.
Kommissionens undersökning visade att det inte är sannolikt att nya konkurrenter skulle kunna ta sig in på marknaden och utgöra ett trovärdigt konkurrenshot mot det fusionerade företaget.
Företagen erbjöd sig att sälja vissa tillgångar och ge tillträde till sina clearinghus för vissa kontrakt. Men sammantaget var dessa åtaganden otillräckliga för att lösa konkurrensproblemen, skrev kommissionen.
– Europeiska finansiella derivatmarknaderna ligger i hjärtat av finanssystemet och det är avgörande för hela Europas ekonomi att de förblir konkurrensutsatta, sade konkurrenskommissionär Joaquin Almunia.
– Vi försökte hitta en lösning, men de erbjudna åtagandena räckte inte, fortsatte han.
NYSE Euronext driver Liffe och Deutsche Börse driver Eurex, som är det två största börserna i världen för derivatinstrument baserade på underliggande europeiska tillgångar.
Utan effektiv konkurrens skulle kunderna gå miste om priskonkurrens och innovation, skrev kommissionen.
Kommissionens undersökning visade att kunderna inte betraktar derivat som handlas utanför börs (OTC) som ett substitut för derivat handlade på börs.
Konkurrenten Chicago Mercantile Exchange tillhandahåller endast marginella tjänster för europeiska derivat, ansåg kommissionen.








